課程資訊
課程名稱
基因體與系統生物學
Genome and Systems Biology 
開課學期
110-1 
授課對象
生命科學院  基因體與系統生物學學位學程  
授課教師
丁照棣 
課號
GenSys5004 
課程識別碼
B48EU0120 
班次
 
學分
4.0 
全/半年
半年 
必/選修
必修 
上課時間
星期二6,7(13:20~15:10)星期四6,7(13:20~15:10) 
上課地點
生科3A生科3A 
備註
本課程以英語授課。台大生科院3A/中研院分生所B1演講廳。與王弘毅、詹世鵬、曾宇鳳、阮雪芬、鄭貽生、李士傑、周信宏、張英峰、楊姍樺、張典顯、許昭萍、高承福、蔡怡陞、陳柏仰合授
總人數上限:30人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1101GenSys5004_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
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課程概述

本課程旨在介紹基因體生物學與系統生物學領域的重要基礎知識、觀念與研究工具,讓同學瞭解該領域必備的知識與各工具間的整合運用。課程的規劃分為三部份:第一部份以基因體生物學入手,介紹基因的運作模式與基因體的內涵,並引進基礎細胞生物學概念,以模式生物為實例,介紹功能性基因體學。第二部份則介紹如何進行大規模生物材料及其數據的收集和處理,含蓋蛋白質體修飾的動力學、蛋白質體學、 代謝體學 以及生物影像擷取與分析,強調實驗的研究方法與設計、統計分計、與分析結果的解讀及其在生物學的意義。第三部份在介紹統計學、化學動力學與計算生物學的概念與工具,強調如何分析以及整合數據來建立出計算模型或生物分子的動態網路。 

課程目標
本課程旨在介紹基因體生物學與系統生物學領域的重要基礎知識、觀念與研究工具,讓同學瞭解該領域必備的知識與各工具間的整合運用 
課程要求
大四(含)以上 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
待補 
參考書目
待補 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
9/23  Introduction to GSB and Bioinformatics (Jason Tsai) [Online] 
第2週
9/28,9/30  09/28 Definition, concepts, and scientific challenges (Tien-Hsien Chang) [Online]

09/30 Yeast as a model system for modern scientific inquiries (Tien-Hsien Chang) [Online] 
第3週
10/05,10/07  10/05. Genomics I (Hurng-Yi Wang) [Online]

10/07 Genomics II (Hurng-Yi Wang) [Online] 
第4週
10/12,10/14  10/12 Metagenomics (Shan-Hua Yang) [Online]

10/14 Genomics III (Hurng-Yi Wang) [LSB 3A] 
第5週
10/19,10/21  10/19 Introduction to R and linux (Jason Tsai) [1F IMB Auditorium]
10/21 Alignment and Phylogenetics [R] (Jason Tsai) [1F IMB Auditorium] 
第6週
10/26,10/28  10/26 Metagenomics [R] (Shan-Hua Yang) [LSB 3A]

10/28 Population Genetics [R] (Jason Tsai) [1F IMB Auditorium] 
第7週
11/02,11/04  11/2 Transcriptome (Jeff Lee). [LSB 3A]

11/4 Transcriptome (Jeff Lee). [LSB 3A] 
第8週
11/09,11/11  11/9 Small non-coding RNAs (Shih-Peng Chan) [LSB 3A]

11/11 Transcriptome analysis using DEseq [R] (Jason Tsai) [1F IMB Auditorium]
 
第9週
11/16,11/18  11/16 Epigenetic regulation (Chromatin structure) (Cheng-Fu Kao) [IMB Auditorium 1F]

11/18 Analysis of transcription factor binding and chromatin modification [galaxy] (Cheng-Fu Kao) [IMB Auditorium 1F]
 
第10週
11/23,11/25  11/23 Profiling genome wide DNA methylation (Pao-Yang Chen) [IMB Auditorium 1F]

11/25 Analysis of DNA methylation [linux] (Pao-Yang Chen) [IMB Auditorium 1F] 
第11週
11/30,12/02  11/30 Network analyses (Hsueh-Fen Juan). [LSB 3A]

12/02 Synthetic biology (David HH Chou). [LSB 3A] 
第12週
12/07,12/09  12/7. Proteomics (Yi-Sheng Cheng). [LSB 3A]

12/9. Proteomics (Ing Feng Chang). [LSB 3A] 
第13週
12/14,12/16  12/14. Metabolomics (Yufeng Jane Tseng). [LSB 3A]

12/16. Metabolomics (Yufeng Jane Tseng). [LSB 3A] 
第14週
12/21,12/23  12/21 (Jimmy Lin). [LSB 3A]

12/23 Dynamics in systems (1) (Chao-Ping Hsu). [LSB 3A] 
第15週
12/28,12/30  12/28. Dynamics in systems (2) (Chao-Ping Hsu). [LSB 3A]

12/30. Dynamics in systems (3) (Chao-Ping Hsu). [LSB 3A] 
第16週
1/04,1/06  1/4 Modeling and simulation (1). (Chao-Ping Hsu). [LSB 3A]

1/6 Modeling and simulation (2). (Chao-Ping Hsu). [LSB 3A]